Редом с България и Италия, Германия също беше обвинена от Европейската комисия в нарушения по Натура 2000. Според Брюксел Федералната Република е пропуснала да постави стотици местности с особено значение за природата под съответната защита.
Мрежата Натура 2000 обхваща всички държави в Европейския съюз, които са длъжни да защитят определени територии, вписани в специален списък като "зони с общоевропейско значение", в които трябва да се опазят хабитатите на животни и растения. За изпълнението на задачата всяка страна има срок от 6 години.
В Германия са обособени 4606 такива територии, от които до изтичането на срока под закрила не са били поставени близо 800. Освен това Берлин е пропуснал да даде точно определение на целите в зоните от Натура 2000. Шест провинции все още не са публикували плановете си за управление на защитените територии.
Заради тези нарушения Германия, България и Италия получиха писма от Брюксел, на които трябва да отговорят в рамките на два месеца. Ако в тези писма не са посочени конкретни дати за премахване на нарушенията, Европейската комисия може да започне наказателни процедури и да изправи държавите пред Европейския съд.